Biblioteka utworzona została na bazie biblioteki Wydziału Lekarskiego UMCS, której zbiory pod koniec 1949 r. liczyły 6000 woluminów zgromadzonych w Zakładzie Anatomii Prawidłowej przy ul. 22 Lipca 1 (obecnie Spokojna).
1 stycznia 1950 r. Wydział Lekarski UMCS został przekształcony w Akademię Medyczną i tym samym Biblioteka zaczęła działać i rozwijać się w ramach nowopowstałej uczelni. W skład księgozbioru wchodziły kolekcje darów m.in. od: Głównej Biblioteki Lekarskiej w Warszawie, Ministerstwa Oświaty, Związku Lekarzy Polskich w Londynie, Funduszu im. Stefana Grota-Roweckiego w Paryżu. Później włączono do jej zbiorów dary z Koła Naukowego Medyków oraz Lubelskiego Towarzystwa Lekarskiego, wśród których znalazło się wiele cennych pozycji z historii medycyny XVIII i XIX.
W 1951 r. Biblioteka została przeniesiona do pomieszczeń w znajdującym się w bardzo złym stanie lokalu przy ul. Królewskiej.
Po usilnych staraniach ówczesnego dyrektora Biblioteki dr Stanisława Kowalczyka udało się uzyskać w 1958 r. nowe lokum w części budynku przy ul. Pstrowskiego 12 (obecnie Peowiaków).
Przeniesienie księgozbioru, który liczył wówczas 111.285 woluminów nastąpiło w 1959 r. Okazało się jednak, że lokal, który miał służyć Bibliotece przez 8 lat był jej siedzibą pięciokrotnie dłużej, przez ponad 40 lat.
W 1975 r. ówczesna dyrektor Biblioteki Głównej mgr Zofia Jasińska, ze względu na ogromne przeciążenie magazynów usytuowanych w różnych częściach Lublina, zaczęła starać się o utworzenie wypożyczalni Studenckiej z magazynem podręczników w Domu Studenckim nr 3. Ostatecznie w 1978 r. w suterenie Domu Studenckiego nr 4 powstała Filia Studencka.
W 1991 r. rozpoczął się proces komputeryzacji Biblioteki, początkowo ograniczający się jedynie do jednostanowiskowego dostępu do bibliograficznej bazy danych Medline. W roku 1994 powstała lokalna sieć komputerowa, a rok później Biblioteka uzyskała dostęp do Internetu.
Kolejnym krokiem było zainstalowanie w wersji sieciowej zintegrowanego systemu bibliotecznego PROLIB (1996 r.), pozwalającego na całkowitą automatyzację procesu bibliotecznego, współpracę z innymi bibliotekami medycznymi i szybszy dostęp do informacji o zasobach poprzez katalog on-line – OPAC WWW.
Usilne starania o poprawę warunków lokalowych kolejnego dyrektora Biblioteki, mgr Lucyny Smyk, zaowocowały zakupieniem przez Uczelnię budynku przy ulicy Szkolnej w dzielnicy Czwartek, który po odpowiedniej adaptacji miał być przeznaczony na potrzeby Biblioteki Głównej.
17 stycznia 2000 w ręce dyrekcji zostały przekazane klucze do nowego budynku i rozpoczął się etap zasiedlania.
W dniu 27 września 2000 r. odbyło się oficjalne otwarcie nowej siedziby przy ul. Szkolnej 18.
W roku 2008 w konsekwencji zmiany nazwy Uczelni, zmieniona została nazwa biblioteki na Bibliotekę Uniwersytetu Medycznego w Lublinie.
Od roku 2010 Biblioteka bierze udział w programie „LUBELSKA BIBLIOTEKA WIRTUALNA”, realizowanym w ramach projektu współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego.
W grudniu 2012 roku utworzona została Biblioteka Cyfrowa UM w Lublinie, promująca dorobek naukowy pracowników naszej Uczelni.
Dyrektorzy Biblioteki
Kustosz dyplomowany
mgr Renata Birska
2002-
Starszy kustosz dyplomowany
mgr Lucyna Smyk
1991- 2002
Starszy kustosz dyplomowany
mgr Leokadia Patyra
1984-1991
Starszy kustosz dyplomowany
mgr Zofia Jasińska
1974-1984
Starszy kustosz dyplomowany
dr Stanisław Kowalczyk
1954-1974
Kustosz mgr Zofia Wiślińska
1950-1954